Primer título

En el Torneo Invierno 1999, Javier Aguirre continúo en Pachuca contratando a elementos como Alfonso Sosa, Benjamin Galindo, el portero argentino Ignacio González, el defensor Pablo Hernández Roetti. Con un juego equilibrado y precavido se realizó un torneo aceptable de 26 puntos ubicado en séptimo lugar, accedió a su primera liguilla en la historia. En la final Pachuca como sorpresa del torneo, se midió contra Cruz Azul, en la ida disputada el jueves 16 de diciembre, igualaron 2-2, goles de Julio César Pinheiro y Pedro Resendiz por los visitantes, Pachuca empató y aventajó con goles de Alejandro Glaría al 22’ y 40’. En la vuelta en el estadio Azul, el domingo 19 de diciembre por la noche, Javier Aguirre decide ser precavido y no concedió mayores ventajas a los Azules que fueron quienes dominaron todo el encuentro, así con un 0-0 llegó la serie de tiempo extra, transcurrían 3 minutos, Óscar Pérez despeja, Alberto Rodríguez recupera y da el pase a Marco Garcés que con la defensa azul desubicada envía el centro que no corta a tiempo Omar Rodríguez y Alejandro Glaría que estaba solo alcanza a rematarlo con la entrepierna para lograr el gol del título, así Pachuca se coronó campeón por primera vez en su historia en la Primera División Profesional con marcador global de 3-2.Alineaciones.